یکی از مهم‌ترین موانع در مسیر توسعه قفس‌پروری، ضعف شدید در تأمین «بچه‌ماهی» است. گونه‌های هدف این صنعت، نظیر سی‌بس، در زمره ماهیان دریایی هستند که تکثیر موفق آن‌ها نیازمند هچری‌های پیشرفته و سیستم‌های RAS (تولید در محیط بسته) است؛ زیرساختی که به‌شکل بومی در کشور توسعه نیافته و منجر به وابستگی بالا به واردات از کشورهایی نظیر فرانسه شده است. این وابستگی نه‌تنها هزینه تولید را افزایش داده، بلکه موجب تأخیر و توقف در بسیاری از طرح‌ها – به‌ویژه در استان‌هایی مانند بوشهر – شده است.

در کنار این موضوع، مسئله خوراک آبزیان دریایی نیز یک گلوگاه مهم به‌شمار می‌رود. خوراک موردنیاز قفس‌ها باید دارای نرخ تبدیل غذایی (FCR) پایین و فرمولاسیون ویژه متناسب با شرایط دریا باشد. در حالی‌که شرکت‌های پیشرو جهانی مانند Mowi و NAQUA با استفاده از کارخانه‌های خوراک تخصصی و تولیدات داخلی یا مشارکتی خود توانسته‌اند این نیاز را پوشش دهند، در ایران این خوراک به‌طور عمده وارداتی، گران‌قیمت و نایاب است. فقدان کارخانه‌های تولید خوراک اختصاصی و وابستگی به بازارهای ناپایدار خارجی، عملاً امکان مقیاس‌پذیری اقتصادی طرح‌های قفس را از بین برده است.

همچنین، مشکل جدی دیگری که گریبانگیر سرمایه‌گذاران این حوزه شده، نبود زیرساخت‌های لجستیکی مناسب در بنادر ساحلی است. فرآوری و بسته‌بندی محصولات دریایی یکی از حلقه‌های کلیدی در زنجیره ارزش است که در ایران، به‌ویژه در جنوب کشور، یا به‌طور کامل وجود ندارد یا فاقد استانداردهای صادراتی است. این موضوع باعث شده است حتی در مواردی که تولید انجام شده، امکان فروش در بازارهای خارجی از بین رفته یا با قیمت‌های بسیار پایین انجام شود. به‌طور مشخص، نبود سردخانه‌های مدرن، نبود اسکله‌های تخصصی و کمبود برق و آب پایدار در مناطق ساحلی از جمله موانع اساسی در توسعه صنعتی این حوزه به‌شمار می‌روند.

در سوی دیگر ماجرا، فرایند اخذ مجوزها نیز به‌شدت پیچیده و زمان‌بر است. سرمایه‌گذاران برای آغاز به‌کار باید از نهادهای متعددی مانند سازمان شیلات، محیط‌زیست، بنادر و دریانوردی، دامپزشکی و … مجوزهای مختلفی را اخذ کنند. این فرایند، چندپاره و فاقد نظام یکپارچه است و همین موضوع، بسیاری از سرمایه‌گذاران را از ادامه مسیر منصرف کرده است. به‌عنوان نمونه، در استان خوزستان، سازمان برق با استناد به نگرانی‌های زیست‌محیطی، با اجرای طرح پرورش قفسی در مخزن سد کارون ۳ مخالفت کرد و پروژه متوقف شد. چنین تعارض‌هایی میان نهادهای دولتی، نه‌تنها نشان از نبود سیاست‌گذاری هماهنگ دارد، بلکه بی‌ثباتی اجرایی را نیز تشدید کرده است.

از منظر اقتصادی نیز، ضعف نظام تأمین مالی و پوشش‌های بیمه‌ای، توسعه پرورش قفسی را به مخاطره انداخته است. هزینه ساخت و تجهیز قفس‌ها، سرمایه‌گذاری بالا در تهیه تجهیزات وارداتی، نیاز به نیروی انسانی متخصص و طول زمان بازگشت سرمایه، همگی ریسک سرمایه‌گذاری را بالا برده‌اند. در عین حال، تسهیلات بانکی کافی ارائه نمی‌شود و سازوکارهای حمایتی موجود، با نوسانات نرخ ارز و نبود بیمه دریایی عملاً ناکارآمد هستند. در استان‌هایی مانند مازندران، حتی متقاضیانی که وثیقه و ضمانت‌نامه ارائه کرده بودند، موفق به دریافت وام‌های حمایتی نشدند و طرح‌هایشان متوقف ماند.